实验室公害预防与处理应符合国家相关法律法规，对于使用有爆炸性、毒害性、生物危险和污染性物质的实验室建设，在系统实验室设计时应符合有关安全、防护、疏散、环境保护等规定。
1.实验室废液处理
实验室废液的处理按期性质、成分等采取不同的方式，实验室设计公司应按照不同类型废液采取分别收集的方式，严禁将废液直接排放。实验室应将无机废液、有机废液、剧毒废液分开收集并，做好相关标识，防止混用，避免废物之间化学成分发生反应，并可通过简单的酸碱中和，做好相关记录，将收集到的废液转至中转站，定期转给有资质的废液处理机构进行处理，废液桶一般采用具有耐酸碱的高密度聚乙烯废液桶。禁止将不用类别或会发生异常反应的废液混放。
近年颁布实施的一些项目的监测方法标准对废物处置做了简单要求，如《土壤与沉积物有机物的提取加压流体萃取法》HJ 783-2016在废物处置中要求“实验中产生的有机废液等有害废物应分类存放，集中保管，送有资质的单位处理”。《土壤氰化物和总氰化物的的测定分光光度法》HJ 745-2015在废物处置中要求实验中产生的废液应集中收集，并进行明显标示，如毒废液（氰化物），委托有资质的单位处理。
2.实验室废气处理
实验室废气主要为两大类，酸雾和有机气体。产生两类污染的操作宜在不同的通风柜中进行，产生的废气应通过废气处理装置处理后再排放。
注：酸雾气体宜用碱性水溶液吸收处理，有机废气宜用高效吸收装置进行处理。
3.实验室固废处理
对于高毒性的可溶性固废，实验室建设时应设专门容器分别加以收集。其他固废可按照国家相关法律法规进行处理，具体符合《一般工业固废贮存控制标准》GB 18599等国家相关的规定。
