完成了整体的实验室建设，在确保人员、设备、环境、方法、试剂等消耗性材料、样品等均符合要求后，实验室还应该对检测过程进行控制，确保影响检测结果的因素全部受控。
实验室检测过程的控制，首先要严格依据有关标准、规范、作业指导书实施检测。确保各项操作由授权人员依据文件规定执行。除此之外，实验过程中，应采取一些措施，确保检测结果的准确性和有效性。
以化学实验室建设运行为例：
（1） 空白
试剂空白一般每制备批样品或每20个样品做一次，样品的检测结果应消除空白造成的影响。高于接受限的试剂空白表示与空白同时分析的这批样品可能受到污染，检测结果不能被接受。当经过实验证明试剂空白处于稳定水平时，可适当减少空白试验的频次。当检测方法对空白有具体规定时,应满足方法要求。
（2） 实验室控制样品
实验室控制样品(LCS)可每制备批样品或每20个样品做一次。LCS应按通常遇到的基体和含量水平准备，其测定结果可建立质量控制图进行分析评价。当经过LCS测试实验证明检测水平处于稳定和可控制状态下，可适当减少LCS的测试频率。
（3） 加标
应在分析样品前加标，基体加标应至少每制备批样品或每个基体类型或每20个样品做一次，且添加物浓度水平应接近分析物浓度或在校准曲线中间范围浓度内，加入的添加物总量不应显著改变样品基体。
（4） 重复检测
重复样品一般至少每制备批样品或每个基体类型或每20个样品做一次。当经过试验表明检测水平处于稳定和可控制状态下，可适当地减少重复检测频率。
